La micro-immunothérapie est utilisée dans les pathologies où le système immunitaire est impliqué : par son action d’immuno-modulation, elle utilise les mêmes messagers que le système immunitaire (les cytokines, les hormones, les facteurs de croissance, les acides nucléiques) pour transmettre les informations à l'organisme et « réajuster » la réponse immunitaire.  Son objectif est de rétablir une bonne communication entre les cellules du système immunitaire, pour les aider à retrouver leur capacité innée de défense face aux agresseurs ou à limiter leur réaction lorsqu'elle est exagérée.